Berdasarkan definisi struktur pengendalian intern yang telah diuraikan sebelumnya, maka menurut (Ikatan Akuntan Indonesia,(2001), tujuan struktur pengendalian intern adalah untuk memberikan keyakinan memadai dalam mencapai tiga golongan tujuan, yaitu:
- keandalan laporan keuangan
- kepatuhan terhadap hukum dan peraturan yang berlaku
- efektivitas dan efisiensi operasi